Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов)
.
Программы выравнивания
На главную страницу второго семестра
Следующее глобальное выравнивание было построено для аминонокислотной последовательности
белка ASSY_ECOLI и ASSY_VIBCH Это выравнивание строилось с помощью программы NEEDLE из программного
пакета EMBOSS.(В командной строке Putty была введена строка "needle ASSY_ECOLI.fasta ASSY_VIBCH.fasta
1to2.needle -auto")
Глобальное выравнивание:
Параметры:
штраф за открытие делеции - 10
штраф за продолжение делеции - 0.5
Результаты выравнивания:
Length: 460
(длина глобального выравнивания)
Identity: 114/460 (24.8%)
(процент идентичности глобального выравнивания)
Similarity: 191/460 (41.5%)
(процент сходства глобального выравнивания)
Gaps: 69/460 (15.0%)
(суммарное количество гэпов глобального выравнивания)
Score: 344.5
(вес глобального выравнивания)
|
ASSY_ECOLI 1 MTTILKHLPVGQRIGIAFSGGLDTSAALLWMRQK-GAVPYAYTANLGQPD 49
:..:.| :::.:|:|||||||..:.|:::. .....|:.|::||.|
ASSY_VIBCH 1 ----MSKVQV-KKVVVAYSGGLDTSVIIPWLKENYDCEVVAFVADVGQGD 45
ASSY_ECOLI 50 EEDYDAIPRRAMEYGAENARLIDCRKQLVAEGI-AAIQCGAFHNTTGGLT 98
|| ...:..:|:..||....::|.:::.|.|.| ..::.||::.. .
ASSY_VIBCH 46 EE-LKGVEAKALSSGASECYIVDLKEEFVKEYIYPTLKTGAYYEG----K 90
ASSY_ECOLI 99 YFNTTPLGRAVTGTMLVAAMKEDGVNIWGDGSTYKGNDIERFYRYGLLTN 148
|...|.:.|.|.....|...::.|.:....|.|.||||..||........
ASSY_VIBCH 91 YLLGTSMARPVIAKAQVEIARKVGADALAHGCTGKGNDQVRFEGAFAALA 140
ASSY_ECOLI 149 AELQIYKPWLDTDFIDELGGRHEMSEFMIACGFDYKMSVEKAYSTDSNML 198
.:|.:..||.:.| |..|....:::.........|:.|.||.|:|
ASSY_VIBCH 141 PDLHVIAPWREWD----LRSREACLDYLAERNIPCAASLTKIYSRDAN-- 184
ASSY_ECOLI 199 GATHEAKDLEYLNSSVKIVNPIMGVKFW---DESVKIPAEEVTVRFEQGH 245
|.|.:.:...|.|:....|....| | .|.....||.||::...|.
ASSY_VIBCH 185 -AWHVSTEGGVLESTWNAPNEDCWV--WTVDPEQAPNEAEYVTLQVAHGE 231
ASSY_ECOLI 246 PVALNGKTFSDDVEMMLEANRIGGRHGLGMSDQIENRIIEAKSRGIYEAP 295
.||::|:..: ....:|..|:.|.:||:|..|.:|||::..||||.||.|
ASSY_VIBCH 232 VVAVDGEAMT-PYNALLYLNQKGAKHGVGRIDIVENRLVGMKSRGCYETP 280
ASSY_ECOLI 296 GMALLHIAYERLLTGIHNEDTIEQYHAHGRQLGRLLYQGRWFD--SQALM 343
|..::..|...:...:.::.:.|.....|.:...|:|.||||. .||:.
ASSY_VIBCH 281 GGTIIMEALRAVEQLVLDKTSFEFREELGIKASHLVYDGRWFTPLRQAVF 330
ASSY_ECOLI 344 -LRDSLQRWVASQITGEVTLELRRGNDYSILNTVSENLTYKPERLTMEKG 392
..|.| |..:.|||.::|.:|...:.... |.|..|..:..|. ..
ASSY_VIBCH 331 AAADEL----AKDVNGEVVIKLYKGQAVATQKR-SANSLYSEDFATF-GA 374
ASSY_ECOLI 393 DSVFSPDD-----RIGQLTMRNLDITDTREKLFGYAKTGLLSSSAASGVP 437
|.|:.... |:..|:.|...::..::
ASSY_VIBCH 375 DEVYDHSHAGGFIRLYSLSSRIRALSQNKQ-------------------- 404
ASSY_ECOLI 438 QVENLENKGQ 447
ASSY_VIBCH 405 ---------- 404
|
|
Следующее локальное выравнивание было построено для аминонокислотной последовательности
белка ASSY_ECOLI и ASSY_VIBCH. Это выравнивание строилось с помощью программы WATER из программного
пакета EMBOSS.(В командной строке Putty была введена строка "water ASSY_ECOLI.fasta ASSY_VIBCH.fasta
1to2.water -auto")
Локальное выравнивание:
Параметры:
штраф за открытие делеции - 10
штраф за продолжение делеции - 0.5
Результаты выравнивания:
Length: 398
(длина локального выравнивания)
Identity: 109/398 (27.4%)
(процент идентичности локального выравнивания)
Similarity: 180/398 (45.2%)
(процент сходства локального выравнивания)
Gaps: 46/398 (11.6%)
(суммарное количество гэпов локального выравнивания)
Score: 353.0
(вес локального выравнивания)
|
ASSY_ECOLI 12 QRIGIAFSGGLDTSAALLWMRQK-GAVPYAYTANLGQPDEEDYDAIPRRA 60
:::.:|:|||||||..:.|:::. .....|:.|::||.||| ...:..:|
ASSY_VIBCH 7 KKVVVAYSGGLDTSVIIPWLKENYDCEVVAFVADVGQGDEE-LKGVEAKA 55
ASSY_ECOLI 61 MEYGAENARLIDCRKQLVAEGI-AAIQCGAFHNTTGGLTYFNTTPLGRAV 109
:..||....::|.:::.|.|.| ..::.||::.. .|...|.:.|.|
ASSY_VIBCH 56 LSSGASECYIVDLKEEFVKEYIYPTLKTGAYYEG----KYLLGTSMARPV 101
ASSY_ECOLI 110 TGTMLVAAMKEDGVNIWGDGSTYKGNDIERFYRYGLLTNAELQIYKPWLD 159
.....|...::.|.:....|.|.||||..||.........:|.:..||.:
ASSY_VIBCH 102 IAKAQVEIARKVGADALAHGCTGKGNDQVRFEGAFAALAPDLHVIAPWRE 151
ASSY_ECOLI 160 TDFIDELGGRHEMSEFMIACGFDYKMSVEKAYSTDSNMLGATHEAKDLEY 209
.| |..|....:::.........|:.|.||.|:| |.|.:.:...
ASSY_VIBCH 152 WD----LRSREACLDYLAERNIPCAASLTKIYSRDAN---AWHVSTEGGV 194
ASSY_ECOLI 210 LNSSVKIVNPIMGVKFW---DESVKIPAEEVTVRFEQGHPVALNGKTFSD 256
|.|:....|....| | .|.....||.||::...|..||::|:..:
ASSY_VIBCH 195 LESTWNAPNEDCWV--WTVDPEQAPNEAEYVTLQVAHGEVVAVDGEAMT- 241
ASSY_ECOLI 257 DVEMMLEANRIGGRHGLGMSDQIENRIIEAKSRGIYEAPGMALLHIAYER 306
....:|..|:.|.:||:|..|.:|||::..||||.||.||..::..|...
ASSY_VIBCH 242 PYNALLYLNQKGAKHGVGRIDIVENRLVGMKSRGCYETPGGTIIMEALRA 291
ASSY_ECOLI 307 LLTGIHNEDTIEQYHAHGRQLGRLLYQGRWFD--SQALM-LRDSLQRWVA 353
:...:.::.:.|.....|.:...|:|.||||. .||:. ..|.| |
ASSY_VIBCH 292 VEQLVLDKTSFEFREELGIKASHLVYDGRWFTPLRQAVFAAADEL----A 337
ASSY_ECOLI 354 SQITGEVTLELRRGNDYSILNTVSENLTYKPERLTMEK--GDSVFSPD 399
..:.|||.::| ||.:.:..:| .:|::|.|
ASSY_VIBCH 338 KDVNGEVVIKL-----------------YKGQAVATQKRSANSLYSED 368
|
|
Из этого видно, что при локальном выравнивании общий вес больше,
чем при глобальном выравнивании, это происходит потому, что при локальном
выравнивании не идет штрафования за конечные гэпы, а так же отрезаются те куски
аминокислотной последовательности, которые могут сильно уменьшить вес выпавнивания.
Ведь локальное выравнивание показывает наибольший вес, который возможен при выравнивании.
Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки.
Следующее глобальное выравнивание было построено для аминонокислотной последовательности
белка ASSY_ECOLI и и искусственно созданной последовательности, состоящей из
двух участков вышеуказанной последовательности. Этo выравнивание строилось с помощью программы NEEDLE из программного
пакета EMBOSS.(В командной строке Putty была введена строка "needle ASSY_ECOLI.fasta
thirdprot.fasta 1to3.needle -auto")
Глобальное выравнивание:
Параметры:
штраф за открытие делеции - 10
штраф за продолжение делеции - 0.5
Результаты выравнивания:
Length: 447
(длина глобального выравнивания)
Identity: 23/447 ( 5.1%)
(процент идентичности глобального выравнивания)
Similarity: 23/447 ( 5.1%) (процент сходства глобального выравнивания)
Gaps: 424/447 (94.9%)
(суммарное количество гэпов глобального выравнивания)
Score:105.0
(вес глобального выравнивания)
|
ASSY_ECOLI 1 MTTILKHLPVGQRIGIAFSGGLDTSAALLWMRQKGAVPYAYTANLGQPDE 50
||||||||||| ||||||||||||
ASSY_ECOLI 1 MTTILKHLPVG---GIAFSGGLDTSA------------------------ 23
ASSY_ECOLI 51 EDYDAIPRRAMEYGAENARLIDCRKQLVAEGIAAIQCGAFHNTTGGLTYF 100
ASSY_ECOLI 24 -------------------------------------------------- 23
ASSY_ECOLI 101 NTTPLGRAVTGTMLVAAMKEDGVNIWGDGSTYKGNDIERFYRYGLLTNAE 150
ASSY_ECOLI 24 -------------------------------------------------- 23
ASSY_ECOLI 151 LQIYKPWLDTDFIDELGGRHEMSEFMIACGFDYKMSVEKAYSTDSNMLGA 200
ASSY_ECOLI 24 -------------------------------------------------- 23
ASSY_ECOLI 201 THEAKDLEYLNSSVKIVNPIMGVKFWDESVKIPAEEVTVRFEQGHPVALN 250
ASSY_ECOLI 24 -------------------------------------------------- 23
ASSY_ECOLI 251 GKTFSDDVEMMLEANRIGGRHGLGMSDQIENRIIEAKSRGIYEAPGMALL 300
ASSY_ECOLI 24 -------------------------------------------------- 23
ASSY_ECOLI 301 HIAYERLLTGIHNEDTIEQYHAHGRQLGRLLYQGRWFDSQALMLRDSLQR 350
ASSY_ECOLI 24 -------------------------------------------------- 23
ASSY_ECOLI 351 WVASQITGEVTLELRRGNDYSILNTVSENLTYKPERLTMEKGDSVFSPDD 400
ASSY_ECOLI 24 -------------------------------------------------- 23
ASSY_ECOLI 401 RIGQLTMRNLDITDTREKLFGYAKTGLLSSSAASGVPQVENLENKGQ 447
ASSY_ECOLI 24 ----------------------------------------------- 23
|
|
Следующее локальное выравнивание было построено для аминонокислотной последовательности
белка ASSY_ECOLI и искусственно созданной последовательности, состоящей из
двух участков вышеуказанной последовательности. Этo выравнивание строилось с помощью программы WATER из программного
пакета EMBOSS.(В командной строке Putty была введена строка "water ASSY_ECOLI.fasta
thirdprot.fasta 1to3.water -auto")
Локальное выравнивание:
Параметры:
штраф за открытие делеции - 10
штраф за продолжение делеции - 0.5
Результаты выравнивания:
Length: 26
(длина локального выравнивания)
Identity: 23/26 (88.5%)
(процент идентичности локального выравнивания)
Similarity: 23/26 (88.5%) (процент сходства локального выравнивания)
Gaps: 3/26 (11.5%)
(суммарное количество гэпов локального выравнивания)
Score:105.0
(вес локального выравнивания)
|
ASSY_ECOLI 1 MTTILKHLPVGQRIGIAFSGGLDTSA 26
||||||||||| ||||||||||||
ASSY_ECOLI 1 MTTILKHLPVG---GIAFSGGLDTSA 23
|
|
Было построено еще одно локальное выравнивание последовательностей ASSY_ECOLI и
искусственно созданной последовательности, состоящей из двух участков вышеуказанной
последовательности с помощью программы matcher с выводом трех наилучших
вариантов.
Локальное выравнивание:
Параметры:
штраф за открытие делеции - 14
штраф за продолжение делеции - 4
Результаты выравнивания:
Length: 26
(длина локального выравнивания)
Identity: 23/26 (88.5%)
(процент идентичности локального выравнивания)
Similarity: 23/26 (88.5%) (процент сходства локального выравнивания)
Gaps: 3/26 (11.5%)
(суммарное количество гэпов локального выравнивания)
Score:94
(вес локального выравнивания)
|
10 20
ASSY_E MTTILKHLPVGQRIGIAFSGGLDTSA
::::::::::: ::::::::::::
ASSY_E MTTILKHLPVG---GIAFSGGLDTSA
10 20
|
|
Программа matcher работает по тому же алгоритму, что и программа water,но
в конечном итоге, она показывает нам не одно, как это делает программа water, а
несколько лучших локальных выравниваний.
©Трембицкая Влада